2011 wurden 99% der Menschheit durch eine Seuche getötet. Im Jahr 2415 befinden sich die Überlebenden in der Stadt Bregna, die von einem Regime um Trevor Goodchild kontrolliert wird. Dort verschwinden immer wieder Menschen und die Einwohner werden von Alpträumen geplagt. Æon Flux ist die beste Kämpferin der Rebellengruppe Monicans, die mit einer telepathischen Technik kommuniziert. Von der Anführerin Handler erhält sie den Auftrag, gegen das Regime vorzugehen.
Als sie sich mit ihrer Partnerin Sithandra ins Innere von Bregna vorkämpft, erfährt sie, dass ihre Schwester Una getötet wurde, weil diese fälschlicherweise für eine Monican gehalten wurde. Wenig später steht Æon vor Trevor, aber irgendetwas hält sie davon ab, ihn zu erschießen. Nachdem sie gefangen genommen wurde und aus der Zelle ausgebrochen ist, kehrt sie nochmal zu Trevor zurück. Sie hat das Gefühl ihn zu kennen und hat Sex mit ihm.
Anschließend sieht sie ein Labor, in dem sie ein Foto findet. Nach einem Kampf mit Trevors Assistentin Freya entkommt sie zunächst. Oren Goodchild plant währenddessen einen Aufstand gegen seinen Bruder. Æon erklärt Sithandra, dass sie lieber etwas über ihre eigene Identität herausfinden möchte, als den gegen Trevor gerichteten Auftrag zu erfüllen. Nachdem sie sich von Sithandra getrennt hat, gelangt sie ins Relical, ein Luftschiff, das über Bregna fliegt.
Dort erfährt sie, dass Una unter anderem Namen noch lebt und zwar als Baby. Trevor erklärt ihr daraufhin die ganze Wahrheit. Die Seuche machte die Menschen unfruchtbar. Die Goodchilds konnten das Problem lösen, indem sie es schafften, Menschen zu klonen, inklusive sich selbst. Das Relical dient dabei als Lager für die DNS. Allerdings wurde Una trotzdem schwanger, woraufhin Oren sie und alle anderen Mitglieder einer Testgruppe tötete, um die Welt der Klone zu erhalten.
Æon und Trevor entkommen einem ersten Angriff von Orens Truppen, zu denen mittlerweile auch Sithandra gehört. Trevor erklärt Æon, dass sie früher seine Frau Katherine war und nun geklont wurde. Es kommt zur direkten Konfrontation zwischen Æon und Trevor auf der einen Seite und Orens Anhängern auf der anderen Seite. Während der wilden Schießerei gelingt es Æon, Sithandra für sich zu gewinnen, doch am Ende stirbt Sithandra ebenso wie Oren.
Æon begibt sich noch einmal ins Relical. Der alte Wächter offenbart ihr, dass er sie damals rettete. Nachdem Æon das Luftschiff wieder verlassen hat, stürzt es gegen die Außenmauer von Bregna. Die Bewohner sehen nun, dass die Welt draußen gar nicht so zerstört und öde ist, wie es ihnen erzählt wurde. Æon und Trevor möchten ab sofort ein normales Leben führen, ein einziges Leben.
Die Welt, in der Æon Flux unterwegs ist, präsentiert sich wesentlich futuristischer als unsere Gegenwart. Aber dort laufen immer noch Menschen und keine Roboter oder Fantasiewesen herum. Deshalb gehört dieser Film zu der Sorte von Science Fiction, die ich interessant finde. Menschliche Konflikte und Fragen stehen im Mittelpunkt der Geschichte. Es geht um ein Duell zwischen zwei verfeindeten Brüdern, die um die Macht kämpfen, Loyalität und um die Frage, wie wir möglichst lange leben.
Besonders spektakulär sind die Szenen, in denen Æon durch die Luft springt und kämpft. Dabei zeigt die attraktive Protagonistin große Ähnlichkeit mit Lara Croft. Sie ist gewissermaßen die Zukunftsversion der Tomb-Raider-Heldin.
