Dort entdeckt Indy den Kristallschädel, woraufhin er und Mutt von den Sowjets nach Brasilien entführt werden. Im Lager der Agenten treffen sie auf den geistig verwirrten Oxley sowie Jones' ehemalige Geliebte Marion Ravenwood, die offenbart, dass Mutt aus ihrer Beziehung mit Indy stammt. Spalko demonstriert ihnen, wie sie die übernatürliche Macht des Schädels nutzen will. Ein erster Fluchtversuch scheitert an Oxleys Zustand. Die Sowjets fesseln ihrer Gefangenen, um sie zu einem Tempel von Akator zu fahren. Indy und seine Freunde, zu denen mittlerweile auch wieder der zwischenzeitlich als Verräter verbannte Mac zählt befreien sich.

Bei einem weiteren Angriff der Sowjets helfen aggressive Ameisen und Indys Gruppe übersteht auch die Angriffe von Ugha-Kriegern. Im Tempel entdecken die Abenteurer zahlreiche eindrucksvolle Reliquien. In einem großen Raum sitzen dreizehn Kristallskelette im Kreis, von denen einem noch der Schädel fehlt. Als Spalko, die den von Mac gelegten Spuren folgte, mit ihren Agenten eintrifft, setzt sie den fehlenden Schädel auf das Skelett, woraufhin die Wesen Oxley als Medium nutzen und in einem alten Maya-Dialekt eine Belohnung versprechen. Spalko ist jedoch zu gierig nach Allwissenheit, so dass sich der Raum öffnet und die Sowjets einschließlich Mac weggerissen werden. Indy, Marion und Mutt beobachten zusammen mit dem geheilten Oxley, wie ein Raumschiff aufsteigt.

Einige Zeit später heiraten Indy und Marion, während Mutt vorübergehend Indys Hut ergreift.